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黑客帝国
从黑客帝国一到黑客帝国三，整整四年，一对名叫沃卓斯基（导演加编剧）的兄弟给科幻电影带来一次史无前例的冲击，无论从思想上还是视觉效果上都超过了以往任何一部科幻电影，从来没有一部科幻电影能够创造这么多的影迷，也没有任何一部科幻电影能像黑客帝国这样引发如此大规模的讨论：讨论剧情，讨论主题，讨论特效，讨论演员，本人绝不敢自称完全把电影看懂了（我把看懂定义为“理解沃卓斯基兄弟眼中剧情和主题的原意”，以免就这个“看懂”一词遭来无数的非议），但是我愿意把我所理解的黑客帝国的故事写出来与大家分享。
第一集的故事比较好懂，相信看过两遍的人都能懂：人类的科技文明发展到某一天，机器的人工智能已经开始超越了人所能控制的范围，于是机器与人类的战争开始了，结果，机器打胜了，地球上的人类分成了两部分，一部分是被驱逐到地心深处一个名叫锡安的溶洞中的地球原住民，他们继续在跟机器进行着战斗，试图摧毁机器世界，重新获得地球的主宰权，另一部分则是机器的战利品，他们一生下来就被养在机器制造的试管中，也会生长发育，只是他们并不知道过去曾经发生的一切，他们活在机器创造的一个虚拟世界里面，完全是由程序编写的一个虚拟世界，这个虚拟世界被锡安的人称为梅屈克斯，它就像一个超级的网络游戏；对于机器来说，这部分人类的作用是给机器提供生物电，使得机器能够拥有必需的能源。如果说，机器只是需要这些试管人类的生物电，为什么还要花大力气编写梅屈克斯这个网络游戏呢？可能的原因有两个，一个是只有这些试管人的大脑不停的有活动才能产生足够的生物电和促进机体的生长发育产生更多的生物电；另一个是，作为战利品，机器对这些曾经创造了他们的人类也很感兴趣，就像人类研究猴子一样研究人类作为一种乐趣，这个原因对于电影来说，已经并不重要，总之机器创造了梅屈克斯，而在锡安里的人不断地想设法解救梅屈克斯中的人，告知他们真相，加入反抗的队伍中，这些被解救的人以莫非斯为代表。
因为莫非斯这些人来自梅屈克斯，所以他们的脑袋上保留有插头，可以重新接入梅屈克斯，莫非斯在梅屈克斯中见到了一个有预知未来能力的人叫先知，他告诉莫非斯，你们想战胜机器，就必须找到一个人，他才是真正的救世主，莫非斯对此深信不疑，他找到了他认为就是救世主的那个人：尼奥，于是第一集的真正主角登场了，那么如同所有故事片一样，有了正面人物就必须要有反面人物，第一集的反面人物就是梅屈克斯中维持秩序的特工，他们不是真正的人类，他们完完全全是由机器编写的程序，有点像防火墙或者说入侵检测程序，特工的代表人物叫做史密斯，他们的任务是阻止莫非斯他们的解救行动并杀死他们。于是第一集就在叛军和特工之间的战斗中展开，与其说是战斗不如说一场逃亡游戏，在第一集里面，观众们看到就是莫非斯、尼奥、崔尼悌这些叛军们不停的逃，特工们不停的追。奔跑、跳跃成了第一集动作的主题。但是到了影片的最后，尼奥在被史密斯杀死以后又复活了，并且具备了超能力，他看穿了梅屈克斯中的一切，在他眼中，梅屈克斯中的物体不再是形象，而是有数字组成的矩阵，于是，莫非斯认为的救世主诞生了，特工变的根本不是尼奥的对手，尼奥钻进史密斯的身体中，把他撕的四分五裂。
这就是第一集的故事，故事很精彩，效果很棒，票房极好，那一年是1999年，这部影片获得了四项奥斯卡奖，影片中的众多特效镜头被奉为经典。接下来有传闻说要拍续集，于是大多数人包括我在内，都自然而然的认为就如同《终结者》一样，因为第一集的票房很好，有了这个人气的保证，不管怎样只要凑一个续集出来，让这些主要人物重新登场，就一定还有票房，因此，自然而然的就猜测第二集应该讲的是在尼奥这个救世主的带领下，将梅屈克斯中解救出来的人组成一支人类的强大Jun队，以锡安为后盾，与那些"八爪鱼"展开战斗，最终以人类的胜利为结束，皆大欢喜，拍成一部像《星球大战》《独立日》一般的战争史诗片。但是，当我了解到导演沃卓斯基兄弟的一些拍摄计划以后，我开始认为我的想法过于简单，按照网上得来的消息，黑客帝国二的上映时间将是2003年，相隔要四年，而且还不止黑客帝国二，黑客帝国三也将同时拍摄，也就是说黑客帝国二和黑客帝国三几乎同时拍摄完毕，都在2003年上映，沃卓斯基兄弟还告诉我们，黑客帝国从来就是一个完整的故事，并不是先有了一再想到去拍摄二和三，只不过故事太长，必须要拍摄三部才够，黑客帝国一只是故事的开始，真正让观众吃惊的都在后面，梅屈克斯的故事绝没有你们想象的那么简单。
我突然意识到，这对兄弟不简单，黑客帝国的续集不会像我想的如此简单。好了，我们现在开始来说第二集的故事，在整个黑客帝国的故事中，第二集的作用是承上启下，也是最为难懂，引起争议和讨论最多的一集，在这一集里面众多的新人物纷纷登场，让人目不暇接，眼花缭乱。故事从尼奥的一个梦开始，他梦见崔尼悌被特工用枪打中了，这一开始其实就埋下了一个伏笔，按照电影的一般惯例，这种梦最后多半会成为真实的，那么我不禁就要发问，既然这是在真实世界，尼奥怎么可能能梦到未来发生的事情，这不符合科幻电影严谨的逻辑，难道导演又要在这一集里面插入一些什么奇幻电影的因素，接下来要出现什么魔法阿超自然力阿什么的吗？接着，上一集被杀死的史密斯又复活了，理论上并不是复活，而是升级了，在尼奥钻入他身体的时候，史密斯获得了尼奥的部分代码，最终导致了史密斯的复活，升级版的史密斯不再是一个普通的特工，他变得更加强大，而且不受梅屈克斯的控制，可以将自己的代码植入梅屈克斯中的人甚至特工的身体中，从而复制自己，并控制他们，这个功能非常可怕，意味着史密斯可以不断的复制自己，尼奥和史密斯的第二次正面打斗的戏就是尼奥面对一堆的史密斯不停的打，怎么也打不完，越打越多，最后只好像超人一样三十六计飞走了。接着影片出现了第二个伏笔，史密斯复制了一个锡安的叛军，这个叫本恩的叛军通过电话回到了锡安，但是显然，他的思想已经变化了，不再是原来的本恩，而变成了史密斯附身的本恩，这里我不禁又要问，既然锡安是真实世界，那么来自梅屈克斯中的程序史密斯怎么可能能够控制真实世界中的人，就像一台电脑把网线都拔了，他怎么还会被黑客入侵呢？
尼奥莫非斯他们回到了锡安，观众有幸目睹了这个人类最后一个城市的壮观景象，我们开始知道，莫非斯也只是一个普通的船长，他也有上司，就是他的情敌司令官，锡安的最高权力机构是议会，议员有男有女，都是老人。而莫非斯所坚信的所谓救世主并不为大多数锡安人认同，在锡安，尼奥只不过是个小有名气的普通人而已。在锡安，尼奥和一个老议员的一段对话非常重要，是整个梅屈克斯中几段经典对话之一，是揭示整个故事主题的点睛之笔，大意是这样，议员带尼奥来到锡安的动力和循环系统控制中心，看着那些巨大的机器在运转，说我虽然知道这些机器的名称和作用，但是我却根本不知道这些机器是如何工作的，他问尼奥你说什么是控制，尼奥说控制就是我们随时都可在我们想的时候把机器给关掉，议员说说得没错，可是关掉之后我们也就失去了赖以生存的各种循环系统。我想，议员是在告诉观众，人类世界与机器世界已经是你中有我我中有你的状态，互为依存的关系，从这里我可以隐约感觉到电影的最终结局必然是人类和机器要达到一种新的和Xie。尼奥他们继续出征，他们要重新找到先知，让她告诉尼奥战胜机器世界的最终办法，先知告诉尼奥你必须先找到开锁人，可以帮助尼奥打开一扇门，去见到神秘的幕后人物。于是，又有几个新的人物类型登场了，其中有那个法国人，严格来说，他并不是和摩非斯他们一样的试管中的人，而是一段程序，这段程序很老，而且他还有编程能力，可以编出像“**”这样的小程序，梅屈克斯已经不再需要他，要把他删除，但是他又设法逃脱了删除，他收留了很多这样即将被删除但又逃脱的程序，包括一对有特殊能力的双胞胎兄弟，他们像幽灵一样可以自由出入很多程序，这些人并不像特工，他们就像梅屈克斯中的独行侠一样，独来独往，特立独行，有他们自己的生活规则和生存方式，但是这些人的能力也有限，并不能改变梅屈克斯，也不对梅屈克斯构成太大的威胁。
法国人囚禁着开锁人，尼奥他们的目的就是救出开锁人，于是一场史无前例的追车大战开始了，其中有穿插着莫非斯和特工的决斗，就像沃卓斯基自己说的，他们要终结以往所有的追车场面，为此，剧组特地建造了一条专用的高速公路拍戏，总共动用了三百多辆各种不同的车，炸毁、撞翻了无数，真是史无前例，这场追车大战直看得人神魂颠倒。最后，尼奥在开锁人的帮助下见到了那个幕后的神秘人物，他，就是梅屈克斯的建造者，设计师，在这里，尼奥与设计师的一段对话终于揭示了第二集的真正内容，由于这段话实在太重要，我在这里全文摘录如下：
设计师：你好，尼奥
尼奥：你是谁？
设计师：我是设计师，是我创造了梅屈克斯。我一直在等你。我知道你有很多问题要问，虽然整个过程改变了你的意识，但你依然是不折不扣的人类。所以我的一些回答你也许能明白，有些你也许不能明白。你的第一个问题也许是最有关键的一个问题，同时你也许意识到或没有意识到它也是最无关紧要的问题。
尼奥：为什么我会在这里？
设计师：你的生命是梅屈克斯固有程序中一个失衡因式的残留总和。你是一个偏差的偶然性，是尽管我竭尽全力，仍不能消除的影响数学精度和Xie的一个偏差。尽管它不断地制造麻烦让我小心翼翼地处理它，但它并不是不可预测的，它仍然处于控制范围之内。它引导着你来到这里。
尼奥：你还没有回答我的问题。
设计师：很好。有意思，这要比其他的那些要快一点。
其他救世主的回应显现在监视器上：其他的？什么其他的？有多少个？回答我！
设计师：梅屈克斯比你想像的要老得多。我比较喜欢用一个完整偏差的出现到下一个完整偏差出现的方式来计算，这已经是第六个版本的梅屈克斯。
其他救世主的回应再次显现在监视器上：五个版本？三个版本？我一直被蒙在鼓里，妈的。
尼奥：只可能有两种解释：没人告诉过我或是从来就没人知道。
设计师：正确。因为你无疑是最简单化的因式里聚集并创造着偏差的系统化变动
其他救世主的回复再次显现在监视器上：你控制不了我！*** you！我会干掉你！我不会为你做任何事情！
尼奥：选择。问题的关键是选择。
电影场景切换到崔妮蒂和一个密探对打，然后又切换回到建造者的房间。
从黑客帝国一到黑客帝国三，整整四年，一对名叫沃卓斯基（导演加编剧）的兄弟给科幻电影带来一次史无前例的冲击，无论从思想上还是视觉效果上都超过了以往任何一部科幻电影，从来没有一部科幻电影能够创造这么多的影迷，也没有任何一部科幻电影能像黑客帝国这样引发如此大规模的讨论：讨论剧情，讨论主题，讨论特效，讨论演员，本人绝不敢自称完全把电影看懂了（我把看懂定义为“理解沃卓斯基兄弟眼中剧情和主题的原意”，以免就这个“看懂”一词遭来无数的非议），但是我愿意把我所理解的黑客帝国的故事写出来与大家分享。
第一集的故事比较好懂，相信看过两遍的人都能懂：人类的科技文明发展到某一天，机器的人工智能已经开始超越了人所能控制的范围，于是机器与人类的战争开始了，结果，机器打胜了，地球上的人类分成了两部分，一部分是被驱逐到地心深处一个名叫锡安的溶洞中的地球原住民，他们继续在跟机器进行着战斗，试图摧毁机器世界，重新获得地球的主宰权，另一部分则是机器的战利品，他们一生下来就被养在机器制造的试管中，也会生长发育，只是他们并不知道过去曾经发生的一切，他们活在机器创造的一个虚拟世界里面，完全是由程序编写的一个虚拟世界，这个虚拟世界被锡安的人称为梅屈克斯，它就像一个超级的网络游戏；对于机器来说，这部分人类的作用是给机器提供生物电，使得机器能够拥有必需的能源。如果说，机器只是需要这些试管人类的生物电，为什么还要花大力气编写梅屈克斯这个网络游戏呢？可能的原因有两个，一个是只有这些试管人的大脑不停的有活动才能产生足够的生物电和促进机体的生长发育产生更多的生物电；另一个是，作为战利品，机器对这些曾经创造了他们的人类也很感兴趣，就像人类研究猴子一样研究人类作为一种乐趣，这个原因对于电影来说，已经并不重要，总之机器创造了梅屈克斯，而在锡安里的人不断地想设法解救梅屈克斯中的人，告知他们真相，加入反抗的队伍中，这些被解救的人以莫非斯为代表。
因为莫非斯这些人来自梅屈克斯，所以他们的脑袋上保留有插头，可以重新接入梅屈克斯，莫非斯在梅屈克斯中见到了一个有预知未来能力的人叫先知，他告诉莫非斯，你们想战胜机器，就必须找到一个人，他才是真正的救世主，莫非斯对此深信不疑，他找到了他认为就是救世主的那个人：尼奥，于是第一集的真正主角登场了，那么如同所有故事片一样，有了正面人物就必须要有反面人物，第一集的反面人物就是梅屈克斯中维持秩序的特工，他们不是真正的人类，他们完完全全是由机器编写的程序，有点像防火墙或者说入侵检测程序，特工的代表人物叫做史密斯，他们的任务是阻止莫非斯他们的解救行动并杀死他们。于是第一集就在叛军和特工之间的战斗中展开，与其说是战斗不如说一场逃亡游戏，在第一集里面，观众们看到就是莫非斯、尼奥、崔尼悌这些叛军们不停的逃，特工们不停的追。奔跑、跳跃成了第一集动作的主题。但是到了影片的最后，尼奥在被史密斯杀死以后又复活了，并且具备了超能力，他看穿了梅屈克斯中的一切，在他眼中，梅屈克斯中的物体不再是形象，而是有数字组成的矩阵，于是，莫非斯认为的救世主诞生了，特工变的根本不是尼奥的对手，尼奥钻进史密斯的身体中，把他撕的四分五裂。
这就是第一集的故事，故事很精彩，效果很棒，票房极好，那一年是1999年，这部影片获得了四项奥斯卡奖，影片中的众多特效镜头被奉为经典。接下来有传闻说要拍续集，于是大多数人包括我在内，都自然而然的认为就如同《终结者》一样，因为第一集的票房很好，有了这个人气的保证，不管怎样只要凑一个续集出来，让这些主要人物重新登场，就一定还有票房，因此，自然而然的就猜测第二集应该讲的是在尼奥这个救世主的带领下，将梅屈克斯中解救出来的人组成一支人类的强大Jun队，以锡安为后盾，与那些"八爪鱼"展开战斗，最终以人类的胜利为结束，皆大欢喜，拍成一部像《星球大战》《独立日》一般的战争史诗片。但是，当我了解到导演沃卓斯基兄弟的一些拍摄计划以后，我开始认为我的想法过于简单，按照网上得来的消息，黑客帝国二的上映时间将是2003年，相隔要四年，而且还不止黑客帝国二，黑客帝国三也将同时拍摄，也就是说黑客帝国二和黑客帝国三几乎同时拍摄完毕，都在2003年上映，沃卓斯基兄弟还告诉我们，黑客帝国从来就是一个完整的故事，并不是先有了一再想到去拍摄二和三，只不过故事太长，必须要拍摄三部才够，黑客帝国一只是故事的开始，真正让观众吃惊的都在后面，梅屈克斯的故事绝没有你们想象的那么简单。
我突然意识到，这对兄弟不简单，黑客帝国的续集不会像我想的如此简单。好了，我们现在开始来说第二集的故事，在整个黑客帝国的故事中，第二集的作用是承上启下，也是最为难懂，引起争议和讨论最多的一集，在这一集里面众多的新人物纷纷登场，让人目不暇接，眼花缭乱。故事从尼奥的一个梦开始，他梦见崔尼悌被特工用枪打中了，这一开始其实就埋下了一个伏笔，按照电影的一般惯例，这种梦最后多半会成为真实的，那么我不禁就要发问，既然这是在真实世界，尼奥怎么可能能梦到未来发生的事情，这不符合科幻电影严谨的逻辑，难道导演又要在这一集里面插入一些什么奇幻电影的因素，接下来要出现什么魔法阿超自然力阿什么的吗？接着，上一集被杀死的史密斯又复活了，理论上并不是复活，而是升级了，在尼奥钻入他身体的时候，史密斯获得了尼奥的部分代码，最终导致了史密斯的复活，升级版的史密斯不再是一个普通的特工，他变得更加强大，而且不受梅屈克斯的控制，可以将自己的代码植入梅屈克斯中的人甚至特工的身体中，从而复制自己，并控制他们，这个功能非常可怕，意味着史密斯可以不断的复制自己，尼奥和史密斯的第二次正面打斗的戏就是尼奥面对一堆的史密斯不停的打，怎么也打不完，越打越多，最后只好像超人一样三十六计飞走了。接着影片出现了第二个伏笔，史密斯复制了一个锡安的叛军，这个叫本恩的叛军通过电话回到了锡安，但是显然，他的思想已经变化了，不再是原来的本恩，而变成了史密斯附身的本恩，这里我不禁又要问，既然锡安是真实世界，那么来自梅屈克斯中的程序史密斯怎么可能能够控制真实世界中的人，就像一台电脑把网线都拔了，他怎么还会被黑客入侵呢？
尼奥莫非斯他们回到了锡安，观众有幸目睹了这个人类最后一个城市的壮观景象，我们开始知道，莫非斯也只是一个普通的船长，他也有上司，就是他的情敌司令官，锡安的最高权力机构是议会，议员有男有女，都是老人。而莫非斯所坚信的所谓救世主并不为大多数锡安人认同，在锡安，尼奥只不过是个小有名气的普通人而已。在锡安，尼奥和一个老议员的一段对话非常重要，是整个梅屈克斯中几段经典对话之一，是揭示整个故事主题的点睛之笔，大意是这样，议员带尼奥来到锡安的动力和循环系统控制中心，看着那些巨大的机器在运转，说我虽然知道这些机器的名称和作用，但是我却根本不知道这些机器是如何工作的，他问尼奥你说什么是控制，尼奥说控制就是我们随时都可在我们想的时候把机器给关掉，议员说说得没错，可是关掉之后我们也就失去了赖以生存的各种循环系统。我想，议员是在告诉观众，人类世界与机器世界已经是你中有我我中有你的状态，互为依存的关系，从这里我可以隐约感觉到电影的最终结局必然是人类和机器要达到一种新的和Xie。尼奥他们继续出征，他们要重新找到先知，让她告诉尼奥战胜机器世界的最终办法，先知告诉尼奥你必须先找到开锁人，可以帮助尼奥打开一扇门，去见到神秘的幕后人物。于是，又有几个新的人物类型登场了，其中有那个法国人，严格来说，他并不是和摩非斯他们一样的试管中的人，而是一段程序，这段程序很老，而且他还有编程能力，可以编出像“**”这样的小程序，梅屈克斯已经不再需要他，要把他删除，但是他又设法逃脱了删除，他收留了很多这样即将被删除但又逃脱的程序，包括一对有特殊能力的双胞胎兄弟，他们像幽灵一样可以自由出入很多程序，这些人并不像特工，他们就像梅屈克斯中的独行侠一样，独来独往，特立独行，有他们自己的生活规则和生存方式，但是这些人的能力也有限，并不能改变梅屈克斯，也不对梅屈克斯构成太大的威胁。
法国人囚禁着开锁人，尼奥他们的目的就是救出开锁人，于是一场史无前例的追车大战开始了，其中有穿插着莫非斯和特工的决斗，就像沃卓斯基自己说的，他们要终结以往所有的追车场面，为此，剧组特地建造了一条专用的高速公路拍戏，总共动用了三百多辆各种不同的车，炸毁、撞翻了无数，真是史无前例，这场追车大战直看得人神魂颠倒。最后，尼奥在开锁人的帮助下见到了那个幕后的神秘人物，他，就是梅屈克斯的建造者，设计师，在这里，尼奥与设计师的一段对话终于揭示了第二集的真正内容，由于这段话实在太重要，我在这里全文摘录如下：
设计师：你好，尼奥
尼奥：你是谁？
设计师：我是设计师，是我创造了梅屈克斯。我一直在等你。我知道你有很多问题要问，虽然整个过程改变了你的意识，但你依然是不折不扣的人类。所以我的一些回答你也许能明白，有些你也许不能明白。你的第一个问题也许是最有关键的一个问题，同时你也许意识到或没有意识到它也是最无关紧要的问题。
尼奥：为什么我会在这里？
设计师：你的生命是梅屈克斯固有程序中一个失衡因式的残留总和。你是一个偏差的偶然性，是尽管我竭尽全力，仍不能消除的影响数学精度和Xie的一个偏差。尽管它不断地制造麻烦让我小心翼翼地处理它，但它并不是不可预测的，它仍然处于控制范围之内。它引导着你来到这里。
尼奥：你还没有回答我的问题。
设计师：很好。有意思，这要比其他的那些要快一点。
其他救世主的回应显现在监视器上：其他的？什么其他的？有多少个？回答我！
设计师：梅屈克斯比你想像的要老得多。我比较喜欢用一个完整偏差的出现到下一个完整偏差出现的方式来计算，这已经是第六个版本的梅屈克斯。
其他救世主的回应再次显现在监视器上：五个版本？三个版本？我一直被蒙在鼓里，妈的。
尼奥：只可能有两种解释：没人告诉过我或是从来就没人知道。
设计师：正确。因为你无疑是最简单化的因式里聚集并创造着偏差的系统化变动
其他救世主的回复再次显现在监视器上：你控制不了我！*** you！我会干掉你！我不会为你做任何事情！
尼奥：选择。问题的关键是选择。
电影场景切换到崔妮蒂和一个密探对打，然后又切换回到建造者的房间。
设计师：我设计的第一个梅屈克斯非常完美，它简直就像是一件完美而卓越的艺术品。它的成功和失败都同样是史诗性的。它失败的必然性在我看来是每个人类固有的非完美性的结果。所以我根据你们人类的历史重新设计了梅屈克斯，以便更准确地反映你们人类本性中多变的怪诞特质。可是我再次失败了。我终于了解到我得不到正确答案是因为它不需要太多的考虑或是也许不需要考虑太多完美性的问题因素。答案最终为另一个指导性的程序偶然发现，这个程序原本是为了研究某些人类思维的。如果说我是梅屈克斯之父，她无疑是梅屈克斯之母。
尼奥：先知。
设计师：嗯。正如我所说的，她偶然发现了一个方法使得将近99.9％ 的试验体接受程序, 那就是给他们一个选择的机会,他们甚至只是仅仅意识到这个选择只是处于无意识的阶段. 这个解决方案最初进行时, 它无疑从基础上是有缺陷的, 因而产生了相矛盾的系统偏差, 如果不加以抑制就会威胁到系统本身. 因此那些拒绝程序的试验体, 尽管只是少数, 但如果不加以抑制就会不断增加形成灾难的可能性.
尼奥：你指的是锡安。
设计师：你在这里是因为锡安就快要被摧毁。居住在里面的人全都会被消灭，那里所有的一切都会被彻底摧毁。
尼奥：放屁！
其他救世主的回应显现在监视器上：放屁！
设计师：否认是所有人类反应中最容易预知的一种。但不可否认的是，这将是我们第六次摧毁锡安，我们干得越来越干净利落。
电影画面切换到崔妮蒂和密探的对打，然后又回到建造者的房间。
设计师：救世主的作用就是现在要返回源极，散播你所携带的编码，重新植入源程序。然后你要从梅屈克斯中选出十六个女性，七个男性共二十三个人类个体来重建锡安。如果没有按照这个步骤来进行，将会导致灾难性的系统崩溃，这会杀死连接在梅屈克斯上的所有人附带的锡安毁灭，这也意味着全人类的绝灭。
尼奥：你不会让这样的事情发生的，你不会的。你们需要人类才能生存。
设计师：我们已经作好了接受任何幸存程度的准备。但与此相关的问题是你是否已经准备好为这个世界所有人类的灭亡承担责任？
设计师按下他拿在手里的笔上的一个按键，梅屈克斯里各个地方的人的图像显现在监视器里。
设计师：观察你的反应很有趣。你的五个前辈都是在一个相同推断的基础上设计以便你执行我们设计好的流程，这个可能的巧合意味着与你们种类的附属关系. 其他的那些救世主们是按常规的方式经历这一过程的，相对他们, 你的经历却是相当特殊的, 你经历着爱.
尼奥梦里崔妮蒂和密探大战的画面出现在监视器上。*
尼奥：崔妮蒂！
设计师：顺带说一句，她进入梅屈克斯牺牲她自己是为了救你。
尼奥：不!
设计师: 这最终让我们来到揭示真相的时刻. 基本缺陷出现时, 偏差表现为开始和结束. 这里有两道门. 你右边的门是通往源极拯救锡安的. 你左边的门是回到梅屈克斯, 去往她以及你们种类绝灭的。就像你说的，问题的关键是选择。可是我们已经知道你准备如何选择，不是吗？我已经能够看到由此产生的连锁反应，你体内的前体生化物质发出的信号引起情感的开始，压制了你的逻辑和理智。你的情感已经蒙蔽了一个简单而明显的事实——她就快要死了，而你却无可奈何。
尼奥走向他左边的门。
设计师：哼。希望，最典型的人类错觉。它既是你们最强大的力量又是你们最大的弱点。
尼奥：如果我是你，我希望我们不会再见面。
尼奥和设计师的这段对话可以说深奥之极，能听一遍就懂得人恐怕不多，我也是在反复琢磨之后才终于明白设计师到底告诉尼奥些什么，首先，我们得出一个振聋发聩的结论，锡安也是假的，也是设计师设计的一个梅屈克斯而已，莫非斯他们并没有得到真正的自由，他们仍然活在梅屈克斯中而并不自知。人类自他们出生的时候，梅屈克斯分配给每个人一个角色，99%的人接受这个角色，让这个角色控制他们的大脑。所以与其说这些人是人，还不如说他们只有一个附着在生命体上的一段意识而已，这段意识被梅屈克斯所左右。他们没有自主的意识，取而代之控制大脑的是由梅屈克斯编写的具有人类意识特征的程序，由于这些人愿意接受分配给他们任何角色，所以他们可以被特工控制思想，被史密斯复制。另外1％的人他们自主的潜意识如此的强，他们不愿接受梅屈克斯分配给的角色，并且能隐约感到有些地方不对劲，开始思考自身存在的方式，这种对梅屈克斯分配过来的角色不兼容性，如果不进行控制会导致系统的不稳定和崩溃。
因此编写梅屈克斯的设计师，编写了一套不同于梅屈克斯的另一个系统模拟程序，为了诉说的方便我把他称之为梅屈克斯二，并给那些自主意识很强的人编写了另外的角色，这些人指的就是片中莫非斯，崔尼悌等叛军。设计师编写梅屈克斯二的目的有两个，一个是让这些不安分的人有一个区别于大多数安分的人的不同的生存空间，他们是不稳定因素，这样就可以把这些不稳定因素从梅屈克斯中剔除，保证梅屈克斯的稳定；另一个就是梅屈克斯二也是一个研究程序，用来研究这些不安分的人的行为，就像人类研究那些特别不安分的猴子一样，掌握他们的特性，从而更有效的控制他们。还有一个设计师没有明说的目的，我觉得也是显而易见，莫非斯这些人不断地去寻找、解救梅屈克斯中那些不安分的人类，等于是从某种程度上在帮助梅屈克斯净化环境，省了很多设计师的力气。那么，尼奥又是怎么回事情？在这里，我想引用网上一段很知名也很经典的一段论述来说明尼奥是何许人：
尼奥：先知。
设计师：嗯。正如我所说的，她偶然发现了一个方法使得将近99.9％ 的试验体接受程序, 那就是给他们一个选择的机会,他们甚至只是仅仅意识到这个选择只是处于无意识的阶段. 这个解决方案最初进行时, 它无疑从基础上是有缺陷的, 因而产生了相矛盾的系统偏差, 如果不加以抑制就会威胁到系统本身. 因此那些拒绝程序的试验体, 尽管只是少数, 但如果不加以抑制就会不断增加形成灾难的可能性.
尼奥：你指的是锡安。
设计师：你在这里是因为锡安就快要被摧毁。居住在里面的人全都会被消灭，那里所有的一切都会被彻底摧毁。
尼奥：放屁！
其他救世主的回应显现在监视器上：放屁！
设计师：否认是所有人类反应中最容易预知的一种。但不可否认的是，这将是我们第六次摧毁锡安，我们干得越来越干净利落。
电影画面切换到崔妮蒂和密探的对打，然后又回到建造者的房间。
设计师：救世主的作用就是现在要返回源极，散播你所携带的编码，重新植入源程序。然后你要从梅屈克斯中选出十六个女性，七个男性共二十三个人类个体来重建锡安。如果没有按照这个步骤来进行，将会导致灾难性的系统崩溃，这会杀死连接在梅屈克斯上的所有人附带的锡安毁灭，这也意味着全人类的绝灭。
尼奥：你不会让这样的事情发生的，你不会的。你们需要人类才能生存。
设计师：我们已经作好了接受任何幸存程度的准备。但与此相关的问题是你是否已经准备好为这个世界所有人类的灭亡承担责任？
设计师按下他拿在手里的笔上的一个按键，梅屈克斯里各个地方的人的图像显现在监视器里。
设计师：观察你的反应很有趣。你的五个前辈都是在一个相同推断的基础上设计以便你执行我们设计好的流程，这个可能的巧合意味着与你们种类的附属关系. 其他的那些救世主们是按常规的方式经历这一过程的，相对他们, 你的经历却是相当特殊的, 你经历着爱.
尼奥梦里崔妮蒂和密探大战的画面出现在监视器上。*
尼奥：崔妮蒂！
设计师：顺带说一句，她进入梅屈克斯牺牲她自己是为了救你。
尼奥：不!
设计师: 这最终让我们来到揭示真相的时刻. 基本缺陷出现时, 偏差表现为开始和结束. 这里有两道门. 你右边的门是通往源极拯救锡安的. 你左边的门是回到梅屈克斯, 去往她以及你们种类绝灭的。就像你说的，问题的关键是选择。可是我们已经知道你准备如何选择，不是吗？我已经能够看到由此产生的连锁反应，你体内的前体生化物质发出的信号引起情感的开始，压制了你的逻辑和理智。你的情感已经蒙蔽了一个简单而明显的事实——她就快要死了，而你却无可奈何。
尼奥走向他左边的门。
设计师：哼。希望，最典型的人类错觉。它既是你们最强大的力量又是你们最大的弱点。
尼奥：如果我是你，我希望我们不会再见面。
尼奥和设计师的这段对话可以说深奥之极，能听一遍就懂得人恐怕不多，我也是在反复琢磨之后才终于明白设计师到底告诉尼奥些什么，首先，我们得出一个振聋发聩的结论，锡安也是假的，也是设计师设计的一个梅屈克斯而已，莫非斯他们并没有得到真正的自由，他们仍然活在梅屈克斯中而并不自知。人类自他们出生的时候，梅屈克斯分配给每个人一个角色，99%的人接受这个角色，让这个角色控制他们的大脑。所以与其说这些人是人，还不如说他们只有一个附着在生命体上的一段意识而已，这段意识被梅屈克斯所左右。他们没有自主的意识，取而代之控制大脑的是由梅屈克斯编写的具有人类意识特征的程序，由于这些人愿意接受分配给他们任何角色，所以他们可以被特工控制思想，被史密斯复制。另外1％的人他们自主的潜意识如此的强，他们不愿接受梅屈克斯分配给的角色，并且能隐约感到有些地方不对劲，开始思考自身存在的方式，这种对梅屈克斯分配过来的角色不兼容性，如果不进行控制会导致系统的不稳定和崩溃。
因此编写梅屈克斯的设计师，编写了一套不同于梅屈克斯的另一个系统模拟程序，为了诉说的方便我把他称之为梅屈克斯二，并给那些自主意识很强的人编写了另外的角色，这些人指的就是片中莫非斯，崔尼悌等叛军。设计师编写梅屈克斯二的目的有两个，一个是让这些不安分的人有一个区别于大多数安分的人的不同的生存空间，他们是不稳定因素，这样就可以把这些不稳定因素从梅屈克斯中剔除，保证梅屈克斯的稳定；另一个就是梅屈克斯二也是一个研究程序，用来研究这些不安分的人的行为，就像人类研究那些特别不安分的猴子一样，掌握他们的特性，从而更有效的控制他们。还有一个设计师没有明说的目的，我觉得也是显而易见，莫非斯这些人不断地去寻找、解救梅屈克斯中那些不安分的人类，等于是从某种程度上在帮助梅屈克斯净化环境，省了很多设计师的力气。那么，尼奥又是怎么回事情？在这里，我想引用网上一段很知名也很经典的一段论述来说明尼奥是何许人：
Who am I? 这是在第一集里尼奥苦苦追寻答案的问题。Why am I here? 这是尼奥在第二集追寻的问题。我们随着电影的进度，也在苦苦思索着答案。尼奥也如上面所说的那样即是程序, 又是人。但他是很特殊的人，很特殊的程序. 我们在这里应该把救世主和尼奥分开。救世主指程序, 尼奥指附载救世主的人的身体。先从救世主角度说。救世主不是由梅屈克斯编写的程序. 也不是由编写梅屈克斯的设计师编写，他是由更上一层即编写设计师的人编写的或者具有这一层的代码。因而他在锡安和梅屈克斯都有超能力即破坏系统的运行规则。编写救世主这程序的目的是为了完善梅屈克斯, 从而让机器能永远控制人类。在锡安中的那些程序因为允许部分人类的意识存在，并且人类意识在不断的加强，到了一定时间人类的意识会超越程序, 导致这部分人苏醒，这是机器所不允许的，所以在这个时刻来临之前，锡安必须被消灭。
但是在锡安这些程序已有更好表达人类自主意识的代码，这些代码对完善梅屈克斯是非常重要的。救世主的作用就象影片中设计师对尼奥的谈话中提到的：
你的生命是梅屈克斯固有程序中一个失衡因式的残留总和。你是一个偏差的偶然性，尽管我竭尽全力，仍不能消除的影响数学精度和Xie的一个偏差。尽管它不断地制造麻烦让我小心翼翼地处理它，但它并不是不可预测的，它仍然处于控制范围之内。正是它引导着你来到这里。
正如我上面所说，救世主是一个特殊的程序，它有伪装的代码，它开始没有能意识它自己核心的代码因而才有片中死后重生的过程。在第一集开始的时候，尼奥是由最外层由梅屈克斯编写的角色程序控制，莫菲斯等在先知的引导下，找到尼奥，指引尼奥激活这层代码（即与莫菲斯等相同的代码）, 尼奥在第一集死掉的时候，这层代码消失，释放出救世主的核心代码. 使尼奥意识到自己的超能力。这部分代码早已存在，只不过现在才起作用，控制了尼奥的大脑。这一次的再生，可以说使程序的苏醒，并不是人的自主意识的苏醒。所以这时候尼奥可以叫做救世主的程序。再从人的角度来说尼奥，作为程序的生物载体，他的人类的自主意识在一，二集里还并没有苏醒，仍然由程序控制，只不过是不同程序控制。但尼奥是不同与一般人的躯体，也许他身上有最初编写设计师的人的遗传基因。他潜在人类自主意识很强，所以他才能接受救世主这程序. 并同时影响救世主这程序。所以在一，二集里他都在对自己真实身份不断进行思索。
但是在锡安这些程序已有更好表达人类自主意识的代码，这些代码对完善梅屈克斯是非常重要的。救世主的作用就象影片中设计师对尼奥的谈话中提到的：
你的生命是梅屈克斯固有程序中一个失衡因式的残留总和。你是一个偏差的偶然性，尽管我竭尽全力，仍不能消除的影响数学精度和Xie的一个偏差。尽管它不断地制造麻烦让我小心翼翼地处理它，但它并不是不可预测的，它仍然处于控制范围之内。正是它引导着你来到这里。
正如我上面所说，救世主是一个特殊的程序，它有伪装的代码，它开始没有能意识它自己核心的代码因而才有片中死后重生的过程。在第一集开始的时候，尼奥是由最外层由梅屈克斯编写的角色程序控制，莫菲斯等在先知的引导下，找到尼奥，指引尼奥激活这层代码（即与莫菲斯等相同的代码）, 尼奥在第一集死掉的时候，这层代码消失，释放出救世主的核心代码. 使尼奥意识到自己的超能力。这部分代码早已存在，只不过现在才起作用，控制了尼奥的大脑。这一次的再生，可以说使程序的苏醒，并不是人的自主意识的苏醒。所以这时候尼奥可以叫做救世主的程序。再从人的角度来说尼奥，作为程序的生物载体，他的人类的自主意识在一，二集里还并没有苏醒，仍然由程序控制，只不过是不同程序控制。但尼奥是不同与一般人的躯体，也许他身上有最初编写设计师的人的遗传基因。他潜在人类自主意识很强，所以他才能接受救世主这程序. 并同时影响救世主这程序。所以在一，二集里他都在对自己真实身份不断进行思索。
当他面对设计师的时候，他的人类意识已经苏醒了很多，虽然还没有控制大脑。但当面对有可能导致全人类灭亡的选择的时候，前五任尼奥的人类意识退缩（这种对人类的爱正如设计师所说即是人的最强的地方，也最弱的弱点），让救世主这程序完成它的任务，回到梅屈克斯的源头, 升级梅屈克斯, 从而使苏醒的人类意识再度消失。之后救世主按照程序设定的选择二十三个人重建锡安，新的循环开始。而第六任尼奥出现不同，他经历和崔尼蒂的爱（这是程序安排好的，为研究人类的情感，所以先知告诉崔尼蒂她会爱上救世主），而这个爱超越前五任对崔尼蒂的爱，人类潜在的意识使他选择重回梅屈克斯，去救崔尼蒂。这是机器没想到的，救世主的程序也没有这代码。这也意味着尼奥的人类意识开始超越救世主这程序，所以再回到锡安后，他感觉到了新的变化，并能再锡安中使用超能力。
我对上面的论述基本表示同意，尼奥其实是救世主6.0版本，但是我们要注意到设计师一开始的一句话“虽然整个过程改变了你的意识，但你依然是不折不扣的人类”，尼奥确实是有着生物属性的人类，这跟先知、法国人他们不同，这就注定了尼奥在第三集里面的能力必然还会提升，他太与众不同，在第二集结尾的时候，尼奥用空手杀死了四个八爪鱼就已经在预示着第三集中尼奥的超能力，这同时也很有力的证明了锡安只是梅屈克斯二的结论。在尼奥杀死四个八爪鱼之后，尼奥昏迷。
如果说第一集只是让我看到了一个很精彩的故事的话，那么随着第二集那个振聋发聩的结论的得出，我已经开始感到我不仅仅是在看电影，有点像在看一个哲学故事了，想起了庄周梦蝶，庄子不知道是自己做梦变成蝴蝶了还是蝴蝶作梦变成了自己。锡安也是假的，可怜的莫非斯他们从一个梦中醒来又跌进了第二个梦，他们还是在梦中，那么到底什么是真实，或许正像第一集里面莫非斯向刚被解救的尼奥解释什么是梅屈克斯一样，什么是真实？真实就是我们看到的、听到的、摸到的，归根到底就是大脑皮层的反应，那么既然理论是这样，我们又何必管他我们有没有真正的躯体，只要能看能听能动，我们不就是真实的吗？
第一集的故事主线很明确，人物也很简单，就是叛军和特工，多的没了。但是到了第二集，整个剧情得到了极大的扩展，千头万绪，众多人物向观众们倾泻而下，史密斯，先知保镖，法国人，双胞胎，开锁人，设计师，每一个人物似乎都充满了谜。那么这第三集将如何收场？剧情该如何走向？
2003年十一月五日，电影史上又一次史无前例的行动，全球六十多个国家同时公映，这意味着全球六十多个国家的两万多家影院中的几千万观众在同一时刻揭开黑客帝国的最后面纱，同一时刻目睹尼奥和史密斯的最后决战，这是何其壮观的一件事情。第三集一开始，尼奥和本恩（被史密斯附身的那个人）头对着头躺在医疗床上，这又是一个画面化的寓言，影片的开始是尼奥和史密斯这对冤家碰头，而影片也以尼奥和史密斯的对决作为结束的。尼奥的思想已经被囚禁到一个地铁车站里面，这这里他碰到了三个人物，三个流放者，他们是一个三口之家，也就是三个即将被删除的程序，他们正等着那个法国人来搭救他们，还记得吗，这个法国人就是专门收留这些即将被删除的程序的。在这里，尼奥和三个人中的男性有很长的一段对话，从对话中，我们开始知道，这个车站其实是一个法国人编写的走私程序，是专门负责来运送非法程序的，法国人就是通过这个车站来运送那些即将被删除的非法程序，而要逃离这个地方的唯一办法就是搭乘“车主（也是法国人的手下）”驾驶的地铁离开。
尼奥当然要借助他人的力量离开，谁？当然只能是崔尼悌和莫非斯，在先知保镖的协助下，他们胁迫法国人把尼奥营救了出来，通过法国人我们又知道了先知保镖其实原先也是法国人的手下，也是一段将被删除的程序，后来离开了法国人，成了先知的保镖。这时候，电影分成了两条主线，一条主线是以锡安的生死存亡为线索的，另一条则是尼奥寻找机器之主为线索的。尼奥和崔尼悌选择驾驶飞船去寻找机器之主，而其他人回去帮助锡安抵抗几百万个八爪鱼的入侵；有一个插曲是尼奥在梅屈克斯二中和史密斯的化身本恩的决斗，尼奥付出眼睛受伤的代价杀死了本恩，但是这时候眼睛对于尼奥来说已经是多余的了，因为尼奥已经开始认识到所谓的锡安世界也只不过是梅屈克斯二而已，这一点从之前尼奥与先知的对话中可以证明，尼奥见到先知马上问的问题就是“为什么我能空手杀死八爪鱼？”。这时候在尼奥的眼中，所谓的真实世界也变成了距阵，尼奥眼中的梅屈克斯是绿色的矩阵，而梅屈克斯二则是橘红色的矩阵以示区别。
这一集的从视觉效果上来说的第一大看点就是主线之一的锡安保卫战，锡安的战士开动着巨大的机器人要面对几百万只八爪鱼的进攻，场面我只能用“喘不过气”来形容，但是这些战士是可怜的，他们并不知道自己不是在真正的真实世界中，他们看到的八爪鱼也只不过是程序创建的，永远也打不完，对于机器之主来说，他想要多少八爪鱼就可以有多少，复制一下就轻松搞定了，因此尽管锡安的战士竭尽了全力也无法阻止八爪鱼的进攻，面对成百万个八爪鱼，他们能做得只剩下一件事情了，“尼奥，不管你现在再做什么，都请你快点！”。回到尼奥这里，尼奥和崔尼悌驾驶着飞船直奔“农场（第一集中的人类养殖场）”而去，那里是八爪鱼的老家，尼奥手一伸，飞船周围的成千上万的八爪鱼都爆炸了，尼奥终于可以在梅屈克斯二中用自己的意识击溃八爪鱼了。
但是，八爪鱼实在太多了，尼奥的“能力”（这时候是否已经可以说是“权限了”）不够，未能阻止飞船的坠毁和崔尼悌的牺牲，但是尼奥终于能够和由成千上万的八爪鱼组成的机器之主面对面的对话了。尼奥的要求很简单，不要杀死锡安中的人类，尽管他们也是活在一个梅屈克斯中，但那些毕竟是有着思想的人类，他们也代表着一个生命。机器之主问：你向我提出了要求，但你有什么可以交换的？尼奥说，我可以帮你平定你现在最大的威胁——史密斯。机器之主短暂考虑后答应了尼奥的要求。为什么会答应？史密斯为什么会成为机器之主最大的威胁？我们现在来说这一集中的另一条暗线，就是史密斯。史密斯到底是什么人，第一集中，我们认识到他是梅屈克斯的入侵检测程序——特工，在第二集中从他自己的口述和行为上我们认识到他已经升级为不受梅屈克斯控制的独立程序，而且向病毒一样在梅屈克斯中蔓延，到了第三集，我们从先知的口述中认识到了史密斯正是尼奥的另一面，就是说尼奥是正面，史密斯是负面，还记得设计师说尼奥是方程式中所有不和Xie的残留余数的总和吗？那么先知这次就明确的说了，尼奥你就是正数，有正必有反，史密斯就是负数，多么有意思的比喻，尼奥是正数代表着正义，而史密斯是负数代表邪恶，邪恶的史密斯像病毒一样梅屈克斯中不断蔓延、自我复制，甚至连先知也未能逃脱被史密斯的感染，尼奥和史密斯的对决就像是正负电子的对撞，注定了正负相抵，打平手。
虽然结局是一定的，但是这场旷世大决斗还是拍的没有让任何人失望。动作导演是大名鼎鼎的袁和平，他安排的暴雨中的对决，而背景的音乐则是气势宏大的交响加合唱，其气势之恢宏，视觉效果之壮烈，正如沃桌斯基自己说的那样，要“终结所有的两人对打”，尼奥和史密斯两个人打遍全宇宙，从地面打到空中，在失重的情况下对决，又打到地下，最终的结局正如我预料的那样，史密斯复制了尼奥，但是这种复制就像是正负电子的对撞，结局是两者的融合，或者说湮灭。尼奥和史密斯都死亡了，被史密斯复制的所有人都恢复了原形，八爪鱼也停止了对锡安的进攻，一瞬间，梅屈克斯被重构，就像操作系统被重启，一切又回到了原样，梅屈克斯又回到了第一集中我们看到的模样，如果这时候放映第一集，我们就可以认为是黑客帝国四，故事完成了一个循环。
顶着灿烂的阳光，设计师这个长得像肯德基老头的人走向先知说你玩的这个游戏很危险知不知道；先知说知道，但是它能换来稳定；老头说这个稳定能维持多久；先知说能维持多久就让她维持多久，你打算怎么处理那些想出去的人？老头说我会给他们自由；先知说是真的吗？老头反问，你以为我是人类吗？微笑一下转身走了。影片完。最后这一段对话很多人可能不能理解，到底在说什么，我的理解是这样，影片中的一切，都是先知设计的一个梅屈克斯的升级程序，尼奥的诞生和史密斯的出现虽然她不能预计到所有的后果，但是基本的进程是在她的设计中的，但是不可否认，这个升级程序有一定的危险性，有很多不可控的因数。先知最危险的举动就是让史密斯复制自己，这就好像我们要杀病毒，在没有被病毒感染的时候，我们很难知道病毒的特性从而清除他，往往要让病毒感染了文件以后，我们才能有效的研究出病毒代码，先知就是置之死地而后生，选择被史密斯感染来了解他，但这无疑是很危险的。
设计师他会给那些想出去的人自由，当然指的就是锡安的那些叛军，这个自由可以做两种的理解，一种理解是维持锡安的稳定，让他们在锡安中继续安居乐业，给他们自己认为是自由的自由，锡安的人到目前为止也没有一个人明白他们身处梅屈克斯二；另一种理解是设计师可能真的会让他们脱离试管，回到自己真正的真实世界， 梅屈克斯二就是以真实世界为原型设计的，这些锡安人也会很快的适应真实的世界的生活；先知问你说的是真的吗？老头反问你以我是人类吗？这句话再明白不过，只有人类才会欺诈，我不会骗你的，我会遵守我和尼奥之间的协议。到这里，我们也明白了，机器之主在梅屈克斯中的代言人就是设计师，就像网络游戏的设计师也需要一个在游戏中的角色去体验一样。
影片看完了，所有的谜底都揭开了，这个故事讲的其实不是人类的故事，而是人工智能机器的进化的故事，就像人类从猿人进化到文明人走过的历程一样，当人类进化到尽头，被自己发明的智能机器毁灭以后，智能机器就开始了它自身的进化，万事皆有始亦有终，就像这句在第三集中被不断重复的一句话述说的那样，人类的文明有开始就必然有终点，人类文明的终点就是机器文明的起点，那么机器文明呢？他已经开始进化了，必然也有其终点，他的终点又是什么的起点呢？我想，这大概是影片留给观众的最大思考。
我对上面的论述基本表示同意，尼奥其实是救世主6.0版本，但是我们要注意到设计师一开始的一句话“虽然整个过程改变了你的意识，但你依然是不折不扣的人类”，尼奥确实是有着生物属性的人类，这跟先知、法国人他们不同，这就注定了尼奥在第三集里面的能力必然还会提升，他太与众不同，在第二集结尾的时候，尼奥用空手杀死了四个八爪鱼就已经在预示着第三集中尼奥的超能力，这同时也很有力的证明了锡安只是梅屈克斯二的结论。在尼奥杀死四个八爪鱼之后，尼奥昏迷。
如果说第一集只是让我看到了一个很精彩的故事的话，那么随着第二集那个振聋发聩的结论的得出，我已经开始感到我不仅仅是在看电影，有点像在看一个哲学故事了，想起了庄周梦蝶，庄子不知道是自己做梦变成蝴蝶了还是蝴蝶作梦变成了自己。锡安也是假的，可怜的莫非斯他们从一个梦中醒来又跌进了第二个梦，他们还是在梦中，那么到底什么是真实，或许正像第一集里面莫非斯向刚被解救的尼奥解释什么是梅屈克斯一样，什么是真实？真实就是我们看到的、听到的、摸到的，归根到底就是大脑皮层的反应，那么既然理论是这样，我们又何必管他我们有没有真正的躯体，只要能看能听能动，我们不就是真实的吗？
第一集的故事主线很明确，人物也很简单，就是叛军和特工，多的没了。但是到了第二集，整个剧情得到了极大的扩展，千头万绪，众多人物向观众们倾泻而下，史密斯，先知保镖，法国人，双胞胎，开锁人，设计师，每一个人物似乎都充满了谜。那么这第三集将如何收场？剧情该如何走向？
2003年十一月五日，电影史上又一次史无前例的行动，全球六十多个国家同时公映，这意味着全球六十多个国家的两万多家影院中的几千万观众在同一时刻揭开黑客帝国的最后面纱，同一时刻目睹尼奥和史密斯的最后决战，这是何其壮观的一件事情。第三集一开始，尼奥和本恩（被史密斯附身的那个人）头对着头躺在医疗床上，这又是一个画面化的寓言，影片的开始是尼奥和史密斯这对冤家碰头，而影片也以尼奥和史密斯的对决作为结束的。尼奥的思想已经被囚禁到一个地铁车站里面，这这里他碰到了三个人物，三个流放者，他们是一个三口之家，也就是三个即将被删除的程序，他们正等着那个法国人来搭救他们，还记得吗，这个法国人就是专门收留这些即将被删除的程序的。在这里，尼奥和三个人中的男性有很长的一段对话，从对话中，我们开始知道，这个车站其实是一个法国人编写的走私程序，是专门负责来运送非法程序的，法国人就是通过这个车站来运送那些即将被删除的非法程序，而要逃离这个地方的唯一办法就是搭乘“车主（也是法国人的手下）”驾驶的地铁离开。
尼奥当然要借助他人的力量离开，谁？当然只能是崔尼悌和莫非斯，在先知保镖的协助下，他们胁迫法国人把尼奥营救了出来，通过法国人我们又知道了先知保镖其实原先也是法国人的手下，也是一段将被删除的程序，后来离开了法国人，成了先知的保镖。这时候，电影分成了两条主线，一条主线是以锡安的生死存亡为线索的，另一条则是尼奥寻找机器之主为线索的。尼奥和崔尼悌选择驾驶飞船去寻找机器之主，而其他人回去帮助锡安抵抗几百万个八爪鱼的入侵；有一个插曲是尼奥在梅屈克斯二中和史密斯的化身本恩的决斗，尼奥付出眼睛受伤的代价杀死了本恩，但是这时候眼睛对于尼奥来说已经是多余的了，因为尼奥已经开始认识到所谓的锡安世界也只不过是梅屈克斯二而已，这一点从之前尼奥与先知的对话中可以证明，尼奥见到先知马上问的问题就是“为什么我能空手杀死八爪鱼？”。这时候在尼奥的眼中，所谓的真实世界也变成了距阵，尼奥眼中的梅屈克斯是绿色的矩阵，而梅屈克斯二则是橘红色的矩阵以示区别。
这一集的从视觉效果上来说的第一大看点就是主线之一的锡安保卫战，锡安的战士开动着巨大的机器人要面对几百万只八爪鱼的进攻，场面我只能用“喘不过气”来形容，但是这些战士是可怜的，他们并不知道自己不是在真正的真实世界中，他们看到的八爪鱼也只不过是程序创建的，永远也打不完，对于机器之主来说，他想要多少八爪鱼就可以有多少，复制一下就轻松搞定了，因此尽管锡安的战士竭尽了全力也无法阻止八爪鱼的进攻，面对成百万个八爪鱼，他们能做得只剩下一件事情了，“尼奥，不管你现在再做什么，都请你快点！”。回到尼奥这里，尼奥和崔尼悌驾驶着飞船直奔“农场（第一集中的人类养殖场）”而去，那里是八爪鱼的老家，尼奥手一伸，飞船周围的成千上万的八爪鱼都爆炸了，尼奥终于可以在梅屈克斯二中用自己的意识击溃八爪鱼了。
但是，八爪鱼实在太多了，尼奥的“能力”（这时候是否已经可以说是“权限了”）不够，未能阻止飞船的坠毁和崔尼悌的牺牲，但是尼奥终于能够和由成千上万的八爪鱼组成的机器之主面对面的对话了。尼奥的要求很简单，不要杀死锡安中的人类，尽管他们也是活在一个梅屈克斯中，但那些毕竟是有着思想的人类，他们也代表着一个生命。机器之主问：你向我提出了要求，但你有什么可以交换的？尼奥说，我可以帮你平定你现在最大的威胁——史密斯。机器之主短暂考虑后答应了尼奥的要求。为什么会答应？史密斯为什么会成为机器之主最大的威胁？我们现在来说这一集中的另一条暗线，就是史密斯。史密斯到底是什么人，第一集中，我们认识到他是梅屈克斯的入侵检测程序——特工，在第二集中从他自己的口述和行为上我们认识到他已经升级为不受梅屈克斯控制的独立程序，而且向病毒一样在梅屈克斯中蔓延，到了第三集，我们从先知的口述中认识到了史密斯正是尼奥的另一面，就是说尼奥是正面，史密斯是负面，还记得设计师说尼奥是方程式中所有不和Xie的残留余数的总和吗？那么先知这次就明确的说了，尼奥你就是正数，有正必有反，史密斯就是负数，多么有意思的比喻，尼奥是正数代表着正义，而史密斯是负数代表邪恶，邪恶的史密斯像病毒一样梅屈克斯中不断蔓延、自我复制，甚至连先知也未能逃脱被史密斯的感染，尼奥和史密斯的对决就像是正负电子的对撞，注定了正负相抵，打平手。
虽然结局是一定的，但是这场旷世大决斗还是拍的没有让任何人失望。动作导演是大名鼎鼎的袁和平，他安排的暴雨中的对决，而背景的音乐则是气势宏大的交响加合唱，其气势之恢宏，视觉效果之壮烈，正如沃桌斯基自己说的那样，要“终结所有的两人对打”，尼奥和史密斯两个人打遍全宇宙，从地面打到空中，在失重的情况下对决，又打到地下，最终的结局正如我预料的那样，史密斯复制了尼奥，但是这种复制就像是正负电子的对撞，结局是两者的融合，或者说湮灭。尼奥和史密斯都死亡了，被史密斯复制的所有人都恢复了原形，八爪鱼也停止了对锡安的进攻，一瞬间，梅屈克斯被重构，就像操作系统被重启，一切又回到了原样，梅屈克斯又回到了第一集中我们看到的模样，如果这时候放映第一集，我们就可以认为是黑客帝国四，故事完成了一个循环。
顶着灿烂的阳光，设计师这个长得像肯德基老头的人走向先知说你玩的这个游戏很危险知不知道；先知说知道，但是它能换来稳定；老头说这个稳定能维持多久；先知说能维持多久就让她维持多久，你打算怎么处理那些想出去的人？老头说我会给他们自由；先知说是真的吗？老头反问，你以为我是人类吗？微笑一下转身走了。影片完。最后这一段对话很多人可能不能理解，到底在说什么，我的理解是这样，影片中的一切，都是先知设计的一个梅屈克斯的升级程序，尼奥的诞生和史密斯的出现虽然她不能预计到所有的后果，但是基本的进程是在她的设计中的，但是不可否认，这个升级程序有一定的危险性，有很多不可控的因数。先知最危险的举动就是让史密斯复制自己，这就好像我们要杀病毒，在没有被病毒感染的时候，我们很难知道病毒的特性从而清除他，往往要让病毒感染了文件以后，我们才能有效的研究出病毒代码，先知就是置之死地而后生，选择被史密斯感染来了解他，但这无疑是很危险的。
设计师他会给那些想出去的人自由，当然指的就是锡安的那些叛军，这个自由可以做两种的理解，一种理解是维持锡安的稳定，让他们在锡安中继续安居乐业，给他们自己认为是自由的自由，锡安的人到目前为止也没有一个人明白他们身处梅屈克斯二；另一种理解是设计师可能真的会让他们脱离试管，回到自己真正的真实世界， 梅屈克斯二就是以真实世界为原型设计的，这些锡安人也会很快的适应真实的世界的生活；先知问你说的是真的吗？老头反问你以我是人类吗？这句话再明白不过，只有人类才会欺诈，我不会骗你的，我会遵守我和尼奥之间的协议。到这里，我们也明白了，机器之主在梅屈克斯中的代言人就是设计师，就像网络游戏的设计师也需要一个在游戏中的角色去体验一样。
影片看完了，所有的谜底都揭开了，这个故事讲的其实不是人类的故事，而是人工智能机器的进化的故事，就像人类从猿人进化到文明人走过的历程一样，当人类进化到尽头，被自己发明的智能机器毁灭以后，智能机器就开始了它自身的进化，万事皆有始亦有终，就像这句在第三集中被不断重复的一句话述说的那样，人类的文明有开始就必然有终点，人类文明的终点就是机器文明的起点，那么机器文明呢？他已经开始进化了，必然也有其终点，他的终点又是什么的起点呢？我想，这大概是影片留给观众的最大思考。